当时有张士诚在苏州起兵称王，教书之余决心立志着书济民劝世。施耐庵又惧于文字狱，于是便以民间流传的宋江起义的故事曲笔为书。罗贯中帮助整理书稿。他们在书肆中翻找各种有关宋江起义的记载，逐渐写成此书。

施耐庵开始在河阳山隐居写书，后搬到白驹场。书中许多的景物描述，多取材自他隐居地周围的自然景色，其中梁山泊的描写被认为是以张士诚起义地的得胜湖、小阳山为背景。而书中的好汉的人物原型则许多来自张士诚的部下。

帮助他写书的不仅有亲戚和门人罗贯中，还有好友鲁渊、刘亮、陆谦等人。

施耐庵被朱元璋关进狱中后，关于他出狱的原因有不同的传说[2]。一种说法是他又写了一部《封神演义》，朱元璋看过后觉得完全是胡言乱语，因此释放了他。另一种说法是《水浒传》后五十回受招安的内容是在狱中完成，朱元璋看后觉得不是歌颂农民起义，于是释放。但是《水浒传》还是被查禁。

施耐庵去世后，罗贯中将书稿整理后准备去当时刻书中心福建建阳刻印。但是当地无人敢印这部书。罗贯中无奈，只好留在当地等待时机，并且又对《水浒传》重新进行了整理。不久后，他也染病去世。直到嘉靖年间，由朝廷派去攻打倭寇的宗臣得到罗贯中后人进呈，付诸刻印。

施耐庵《水浒传》在艺术上取得了杰出的成就。人物形象的塑造能写出复杂的性格内容，人物性格的形成有环境的依据，同时随生活环境的变化而发展。人物形象带有理想色彩，同时又深深地扎根于生活的土壤之中。《水浒传》不单以情节的生动紧张取胜，还有较丰富真实的细节描写。小说在民间口语的基础上创造出一种通俗、简练、生动、富于表现力的文学语言。与内容相适应，前70回连环套式的艺术结构也独具特色。

《水浒传》作者施耐庵对于这些英雄人物，予以充分的肯定和热情的讴歌，歌颂了这些人物的反抗精神、正义行动，也歌颂了他们超群的武艺和高尚的品格。一些出身下层的英雄人物，如李逵、三阮、武松、石秀等，对统治阶级的剥削压迫感受最深，因此当他们一旦造反后，他们的反抗性也最强，什么统治阶级的法度条例，对他们毫无约束，像李逵连皇帝也不放在眼里。他们为了起义的正义事业，赴汤蹈火在所不辞，作者对这些英雄人物的赞扬，完全是出自内心的热爱。作品歌颂这样一批被统治阶级视为所谓“杀人放火”的强盗、朝廷的叛逆，一些所谓“不赦”的罪人，把他们写得如此光辉动人，可敬可爱，这显示了作者的胆识和正义感情。与此相反，作者对于统治阶级的人物，则将他们写得丑恶不堪，和梁山英雄形成鲜明的对比。从而启发人们去爱什么人，恨什么人。金圣叹评论《水浒传》“无美不归绿林，无恶不归朝廷。”不管金圣叹主观动机如何，这句话却确实说明了施耐庵的思想倾向和《水浒传》的深刻社会意义。

中国历史上发生过无数次的农民起义，中国的农民富有武装斗争的传统和经验，但用文学形式来歌颂农民战争，并且真实生动地作全面的艺术再现的，只有《水浒传》。《水浒传》在记叙歌颂起义军的武装斗争时，还比较重视战争经验的总结，起义军战胜敌人，不仅凭勇敢,还靠智慧。《水浒传》中这方面的事例很多，“三打祝家庄”施耐庵是一个较为突出的例子，曾经赞扬“三打祝家庄”是合乎辩证法的最好的事例。梁山起义军在这次战役中能够重视调查研究,对敌分化瓦解,并采取打入内部里应外合的办法，终于取得了战争的胜利。《水浒传》中有关战争的描写，可与《三国志演义》相媲美。清代刘銮的《五石瓠》里说：明末农民起义军的张献忠“日使人说《三国》、《水浒》诸书，凡埋伏攻袭皆效之”。

《水浒传》中所描写的起义军的政治主张，虽然说得不十分明确，却可以看到他们有着“八方共域，异姓一家”，不管什么出身“都一般儿哥弟称呼，不分贵贱”的理想。联系到他们“杀富济贫”的行动，表现了人民反对封建经济的贫富悬殊和政治上的等级贵贱之分，反对封建社会的阶级剥削和政治压迫，这是对封建地主阶级统治思想的宣战，反映了广大受压迫人民的愿望。